A coordenação das atividades do Programa é exercida pelo Conselho de Programa (CP), presidido pelo Coordenador do Programa e constituído por: Coordenador do Programa
Os membros do Conselho são eleitos pelos docentes e discentes do Programa para um mandato de 2 (dois) anos e o representante discente para um mandato de 1 ano.
O CP se reúne uma vez por mês, geralmente a primeira Quinta-feira de cada mês e suas atribuições estão definidas no Regulamento Geral da Pós-graduação do INPA.
Seguem abaixo os atuais membros do Colegiado do PPG-BOT-INPA:
Coordenador e Sub-Coordenador (2022/2023)
Prof. Charles Eugene Zartman - Coordenador
Prof. Alberto Vicentini- Vice-coordenador
Representantes do Corpo Docente (2022/2023)
Profa. Maria Anália Duarte de Souza- Titular
Prof. Leandro Lacerda Giacomin - Suplente
Representantes do Corpo Discente - (2021/2022)
Gildo Vieira Feitoza - Titular
Pedro Cavalcante da Cruz - Suplente